Milli Depozit Mərkəzinin (MDM) ali idarəetmə orqanı Müşahidə Şurasıdır. Müşahidə Şurası 5 nəfərdən ibarətdir və onun tərkibinə Azərbaycan Respublikasının Maliyyə Bazarlarına Nəzarət Palatasının (MBNP) iki nümayəndəsi, mərkəzi depozitarın üzvlərinin iki nümayəndəsi və bir müstəqil üzv daxildir.

Müşahidə Şurasına sədr rəhbərlik edir. Müşahidə Şurasının sədrini və onun müavinini MBNP-nin təqdimatı ilə Müşahidə Şurası öz üzvləri sırasından seçir. Müşahidə Şurasının sədri olmadıqda, onun səlahiyyətlərini müavini icra edir.

Hazırda MDM-in Müşahidə Şurasının tərkibi aşağıdakı kimidir:

Müşahidə Şurasının sədri - İsmayılov Samir Əbülfət oğlu

Müşahidə Şurasının üzvü - Mikayılov Aruz Məhəbbət oğlu

Müşahidə Şurasının üzvü - Bayramov Tural Bəşir oğlu

Müşahidə Şurasının üzvü - Məmmədov Orxan Ələkbər oğlu